Trong tháng 2 năm 2009, sau khi tòa tha bổng các bị cáo trong phiên xét xử vụ giết Anna Politkovskaya, các con của bà - Vera và Ilya - luật sư Karinna Moskalenko và Anna Stavitskaya của họ, cùng biên tập viên cấp cao của tờ Novaya Gazeta là Sergei Sokolov đã đưa ra phản ứng của họ về việc xét xử này tại một cuộc họp báo ở Moskva.[55] Trong các bình luận của mình sau khi phiên tòa kết thúc, Andrew McIntosh, trưởng tiểu ban truyền thông của Hội đồng Nghị viện của Ủy hội châu Âu (PACE), báo cáo viên về Tự do của phương tiện truyền thông, đã bày tỏ sự thất vọng về điều mà ông nhận thấy là thiếu tiến bộ trong việc điều tra vụ giết người này, hoặc sự thiếu khả năng của giới chức chính quyền Nga để tìm ra thủ phạm đã giết bà:

Hai năm trước, trong Nghị quyết 1535 (năm 2007), Nghị viện châu Âu đã kêu gọi Quốc hội Nga theo dõi chặt chẽ những tiến bộ trong cuộc điều tra hình sự về vụ giết Anna Politkovskaya và buộc các quan chức chịu trách nhiệm về bất kỳ thất bại nào trong điều tra hoặc truy tố. Việc kết thúc phiên tòa ngày hôm qua chỉ có thể được coi là một thất bại hiển nhiên. Tôi kêu gọi các quan chức Nga và Quốc hội tái mở một cuộc điều tra thích hợp và làm sáng tỏ vụ giết người này, điều làm suy yếu không chỉ tự do ngôn luận ở Nga, mà cũng làm hỏng nền tảng dân chủ của nó dựa trên các quy định của pháp luật. Không có lời bào chữa cho những điều tra sai sót trong các vụ giết các nhà báo phê phán chính trị viết các bài chống tham nhũng và tội phạm trong chính phủ, chẳng hạn như các vụ giết Georgy Gongadze tại Ukraina vào năm 2000 và Paul Klebnikov tại Moskva năm 2004.[56]

Trước khi phiên tòa xét xử kết thúc thì Stanislav Markelov, một luật sư đã điều tra nhiều vụ đối xử tàn bạo do Politkovskaya chứng minh bằng tài liệu, đã bị giết chết ở Moskva ngày 19.01. 2009 với nhà báo Anastasia Baburova.[57] Baburova từng là nhà báo tự do (freelance) có viết cho tờ báo của Politkovskaya, còn luật sư Markelov đã đại diện cho tờ Novaya Gazeta trong nhiều dịp. Tháng 11 năm 2009 các kết quả công khai của cuộc điều tra về vụ bắn 2 người nói trên đưa ra giả thuyết là các vụ giết người này không liên quan trực tiếp tới vụ ám sát Anna Politkovskaya.[58]

Liên quan chặt chẽ hơn tới công việc của Anna Politkovskaya như một nhà báo, là vụ giết Natalia Estemirova ngày 15.7.2009. Là một thành viên trong Ban quản trị của Tổ chức bảo vệ nhân quyền Memorial, đồng thời là một người thông tin chủ yếu, người dẫn đường và đồng nghiệp của Politkovskaya ở Chechnya, Estemirova [59] bị bắt cóc ở Grozny và được tìm thấy bị chết, nhiều giờ sau đó, tại nước cộng hòa láng giềng Ingushetia. Cả ba vụ giết các nhà hoạt động trên đều có điều nổi bật là đã không có kẻ nào bị trừng phạt (xem Danh sách các nhà báo bị giết ở Nga). Sau vụ giết đầu tiên, Dmitry Muratov đã công khai yêu cầu cho các nhà báo của mình được đào tạo để tự vệ bằng súng, nếu cần thiết. Sau cái chết của Estemirova, đến tháng 8 lại có vụ gìết thêm 2 nhà hoạt động nhân quyền ở Grozny - Zarema Sadulayeva và chồng là Umar Dzhabrailov – thì tờ Novaja Gazeta thông báo là sẽ không thể mạo hiểm để gửi các nhà báo của mình tới Chechnya nữa.

Các nhà chức trách Chechnya đã biểu lộ sự vi phạm của họ ở việc nói xấu này. Trong một cuộc phỏng vấn với Radio Liberty, tổng thống Chechnya Ramzan Kadyrov bày tỏ thái độ đối với Natalya Estemirova lần mới đây là mâu thuẫn với lời phát biểu trước của ông liên quan tới công chúng và hối tiếc.[60] Ông nói: Bà ta là một phụ nữ "chưa hề có bất kỳ danh dự, phẩm giá hay lương tâm nào".

Xét xử lại

Ngày 5.8.2009, Tòa án tối cao Liên bang Nga chấp thuận việc kháng cáo lệnh tha bổng các bị cáo trong vụ ám sát Politkovskaya của Cơ quan công tố, và ra lệnh mở một phiên tòa mới[61][62].

Tháng 8 năm 2011, Cơ quan công tố Nga tuyên bố là đã sắp giải quyết xong vụ án, [[sau khi bắt giữ Dmitry Pavliuchenkov, một cựu cảnh sát viên, mà cơ quan này cho rằng là thủ phạm chính.[63] Tháng tiếp theo, tờ báo Kommersant của Nga tường thuật rằng – theo lời khai của Pavlyuchenkov - thì anh ta đã hành động theo yêu cầu của doanh nhân Boris Berezovsky, một người chỉ trích Putin.[64]

Tháng 12 năm 2012 Dmitry Pavlyuchenkov bị xử là có tội, bị phạt 11 năm tù giam.[65]

Tháng 5 năm 2014, 5 kẻ phạm tội giết Politkovskaya, trong đó có ba người đã được tha bổng trong phiên tòa đầu tiên là 3 anh em người Chechenya, được đưa ra xét xử lại.[66] Tháng 6 năm 2014 các người này đã bị phạt tù, trong đó 2 người bị xử tù chung thân. Tuy nhiên, vẫn chưa rõ ai là kẻ chủ mưu trong vụ ám sát Politkovskaya.[67]